Am 3. Mai 1958 fand der Spatenstich für die neue St. Franziskus-Kirche statt. Geplant war diese Kirche ursprünglich für die Gemeinden Zollikofen, Bremgarten, Moosseedorf, Urtenen, Münchenbuchsee und Jegenstorf sowie für Worblaufen und für die Berner Quartiere Aaregg, Tiefenau, Rossfeld und Felsenau. 1976 wurde ein Teil des Gebiets abgetrennt: Es entstanden die beiden selbstständigen Kirchgemeinden St. Franziskus und Heiligenkreuz. Die Gemeinde Zollikofen gehört der Pfarrei St. Franziskus an.